Yeni nesil dizileme yöntemi ile Türk fındığı (Corylus colurna L.) ve tombul fındığın (Corylus avellana L.) transkriptom analizlerinin yapılması ve karşılaştırılması

Abstract

Fındık, tarih boyunca insanlar için değerli bir gıda olmuştur. Gıda sektöründe çerez olarak, özellikle pasta ve çikolata yapımında tüketilmesi yanı sıra yağ bitkisi olarak kullanılan, ekonomik değeri oldukça yüksek bir bitkidir. Huşgiller (Betulaceae) familyasından Coryleae alt familyasının Corylus cinsi içerisinde tanımlanan 25'ten fazla türün ticari olarak en çok tercih edilenleri ise Anadolu kaynaklı olanlarıdır. Tüm dünyanın ihtiyacının yaklaşık %70'inin Türkiye'den karşılanması ve ana vatanının Türkiye olması ayrıca Türk ekonomisine katkısı açısından da oldukça önemli bir bitkidir. Ülkemizde birçok çeşidinin ticari olarak yetiştirilmesine rağmen, en yaygın olarak yetiştirilen türleri; ticari olarak en çok tercih edilen Tombul çeşidi olarak isimlendirilen Corylus avellana L. Tombul ve ağaç formunda olan ve güçlü kök yapısı sebebiyle ıslah çalışmalarında anaç olarak kullanılan ve Türk Fındığı olarak bilinen Corylus colurna L.'dir. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünün koleksiyonunda yer alan Tombul ve Türk fındık ağaçlarının yaprak, erkek ve dişi çiçek, tomurcuk ve zuruflarından total RNA izolasyonu yapıldı. Yeni Nesil Dizileme teknolojisi kullanılarak Illumina HiSeq4000 ile iki uçlu olarak 100 bp uzunluklarında okumalardan oluşan iki farklı kütüphane oluşturuldu. Dizileme sonrası C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul'dan yaklaşık 10,30 GB ve 10,48 GB transkriptom verisi elde edildi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul okumaları de novo olarak 95979 transkripte derlendi. TRAPID platformu kullanılarak transkriptlerin GO ve KEGG fonksiyonel özellikleri belirlendi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul için sırasıyla 27051 ve 25312 SSR tanımlandı. RNA-seq verilerinin qPCR ile validasyonu için TL1, GMPM1, N, 2MMP, At1g29670, CHIB1 genleri seçildi. Yapılan bu çalışma ile Anadolu kaynaklı iki fındık türü; en kaliteli fındık kabul edilen Tombul çeşidi fındığın ve anaç olarak kullanılan Türk Fındığının ilk defa kapsamlı transkriptom analizi yapıldı, bu fındık türlerinin gen ekspresyon profilleri ilk defa karşılaştırılarak geniş bir bilgi elde edildi. Bu veriler fındık yetiştiriciliği, tıbbi ve endüstriyel araştırmalar için açık bir kaynak oluşturacaktır.