Terrier ırkı köpeğin normal ve tümörlü meme dokusunda eksprese olan genlerin EST (Expressed Sequence Tags) kütüphanesinin oluşturulması ve karşılaştırılması

Abstract

Meme bezi tümörleri köpeklerde çok sık rastlanan tümörlerdir. Dişi köpeklerde gözlenen tüm neoplastik olguların hemen hemen %50'sini meme tümörleri oluşturmaktadır. Köpeklerde meme tümörü oluşumundan sorumlu genler ve oluşum mekanizması ile ilgili veriler oldukça kısıtlıdır. Meme kanseri oluşumunda insan ve köpeklerdeki patogenetik mekanizmaların karşılaştırılması ve köpek meme tümörlerinin insan meme kanseri için uygun bir biyomodel olup olamayacağı hipotezi de son yıllarda birçok komparatif çalışmanın konusu olmuştur. Bu çalışmada meme dokusu örnekleri, biyopsi yöntemi ile sağlıklı Terrier köpeğin normal meme dokusundan ve neoplastik dokusu olan aynı ırktan başka bir köpekten alınmıştır. Dokulardan RNA ve mRNA izolasyonu yapılarak iki ayrı cDNA kütüphanesi oluşturulmuştur. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 2304 klon örneklerinin dizin analizleri yapılarak köpek meme dokusu için EST koleksiyonu oluşturulmuştur. Phrap/Phred, BEAP ve CAP3 programları ile biyoinformatik analizleri yapılarak BLAST yöntemi ile daha önce köpek ve insanlar için yayınlanmış genler birbiri ile karşılaştırılmış, meme patogenezisi üzerine etkisi olan genler tanımlanmıştır. Bu çalışmadaki sonuçların, köpeklerin fonksiyonel genom araştırmalarında önemli bir kaynak teşkil edeceği düşünülmektedir.