Olea europaea cv Gemlik (zeytin) bitkisine ait cDNA kütüphanesinin hazırlanması ve sonuçların bioinformatik analiz yöntemleri ile değerlendirilmesi

Abstract

Anavatanı Akdeniz havzası olan Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik) bitkisi ekonomik açıdan ülkemiz için önemli olan tarım ürünleri arasında yer almaktadır. Bu çalışmada zeytin bitkisinden alınan yaprak ve meyve örnekleri kullanılarak iki ayrı cDNA kütüphanesi yeni gen keşfi ve gen fonksiyon analizleri için önemli olan EST'leri oluşturmak için hazırlanmıştır. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3840 adet klon örneklerinin dizi analizleri yapılarak zeytin için EST (Expressed Sequence Tags) koleksiyonu oluşturulmuştur. Zeytin bitkisine ait ham EST verilerinin analiz edilmesi için Phred/ Phrap/ Consed bilgisayar programları ile düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırılmıştır. Fragment eşleştirme işlemi için hem Phrap hem CAP3 programı ayrı ayrı kullanılarak yapılmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma için Consed programı her iki programın sonucu kontrol edilerek değerlendirilmiştir. CAP3 programına ait sonuçlar daha uygun bulunduğu için çalışmaya bu verilerle devam edilmiştir. CAP3 programından elde edilen veriler NCBI'a (National Center for Biotechnology Information) ait GenBank veri tabanıyla BLASTN uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır ve GenBank'a kaydedilmiştir.