Organik ve konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yetiştiriciliğinde tuz stresi uygulamasında aktivasyonu artan DREB2A geninin ekspresyonunun karşılaştırılması

Abstract

Önemli bir protein kaynağı olan fasulye bitkisi yemeklik tane baklagiller içerisinde 614.948 ton üretim miktarı ile birinci sırada gelmektedir. Ekilebilir tarım alanlarımızdaki en önemli problemlerden olan tuzluluk fasulye tarımını da olumsuz etkilemektedir. Çalışmada organik ve konvansiyonel fasulye yetiştiriciliğinde tuzluluk stresi uygulamasında aktivasyonu artması beklenen DREB2A geninin analizi için örneklerden RNA izolasyonu yapılırken eş zamanlı olarak 20. saatte stres verilmiş yaprak örneğinden de genomik DNA izolasyonu yapıldı. DREB2A `ya göre ileri ve geri primerler tasarlanarak PCR yapıldı. PCR ürünleri agaroz jelden pürifiye edilerek pGEM-T Easy vektörüne klonlanıp dizin analizine gönderildi. Plazmit izolasyonunun ardından çoklu klonlama bölgesinde bulunan kesim bölgeleri uygun bir enzimle kesilip doğrusal hale getirildi ve miktarı belirlenerek dizin analizine gönderildi. Elde edilen 702 bp uzunluğundaki DNA dizininin GenBank veri tabanında kaydedilmiş dizilere benzerliklerinin ve olası fonksiyonlarının belirlenmesinde BLASTN ve BLASTP analizleri yapıldı. Analizler sonucunda klonlanan gen bölgesinin soya fasulyesi DREB1 geni ile benzerlik gösterdiği görüldü. Klonlanan gen bölgesinden Real Time PCR de kullanılacak DREB2A ileri ve geri primerleri tasarlandı. Housekeeping gen olarak fasulye aktin geni kullanıldı. İzole edilen RNA'ların saflık ölçümlerinin ardından cDNA sentezi yapılarak Real Time PCR için melting curve analizleri yapıldı. Fasulye aktin ve DREB2A için yapılan melting curve analizlerinde amplifikasyon gözlendi.