Prostat kanseri ile ilişkili olduğu düşünülen bazı gen polimorfizmlerinin Türk hastalarda incelenmesi - Özkan, Ebru (My University, 2014)
Erkeklerde dünya genelinde en sık görülen ikinci kanser türü prostat kanseridir. Türkiye'de erkekler arasında kanserlerden ölümlerin ikinci sıradaki sebebidir. Prostat kanseri sıklıkla erken dönemde bulgu vermemekte ve belirtilerin ortaya çıkması hastalığın ilerlediğini veya metastaz yaptığını işaret etmektedir. Prostat kanserinin doğrudan sebebi henüz tanımlanmamış olmakla beraber bu hastalığa neden olan yaş, kalıtsal yatkınlık, sigara ve alkol kullanımı, beslenme biçimi, ırk ve genetik faktörler gibi birkaç risk faktörü tespit edilmiştir. Tek nükleotid polimorfizmi (SNP), genomun herhangi bir bölgesinde bulunan tek nükleotid dizilim farklılıkları olup hastalığa yatkınlık nedeni olabilmektedir. Bu nedenle, SNP'ler hastalıkla ilişkilendirme çalışmalarında ideal belirteçler olarak önerilmektedir. Farklı popülasyonlarda hasta ve kontrol gruplarında yapılan araştırmalar sonucu, prostat kanseri ile ilişkili olan birçok SNP tanımlamıştır. Farklı toplumlarda risk alellerinin de farklı olduğu bilinmektedir, bu nedenle her toplumun SNP profillerinin ayrı ayrı tanımlanması gerekmektedir. Bu tez çalışmasının temel amacı daha önce farklı toplumlarda prostat kanseri ile ilişkili olduğu bildirilen 67 SNP'nin; toplumumuzdaki prostat kanseri hastalarında ve sağlıklı bireylerde araştırılarak prostat kanseri ile ilişkilendirilmesidir. Bu tez çalışmasında 175 örnekte (85 hasta, 90 kontrol) 67 SNP'nin iPLEX yöntemi ile genotiplemesi gerçekleştirilmiştir. Her bir SNP'nin Hardy Weinberg dengesi test edilmiştir ve rs11135910, rs11902236, rs445114, rs721048, rs6497287 ve rs6983267 polimorfizmlerinin genotipleri için Hardy Weinberg dengesinden sapma olduğu belirlenmiştir (p≤0,05). SNP alellerinin prostat kanseri ile ilişkisi araştırıldığında, rs1016343 (OR=1,91; %95 GA=1,12-3,26; p=0,017), rs1456315 (OR=2,40; %95 GA=1,22-4,72; p=0,011), rs10896449 (OR=1,54; %95 GA=1,00-2,37; p=0,047), rs3771570 (OR=2,07; %95 GA=1,04-4,14; p=0,039), rs7141529 (OR=1,61; %95 GA=1,05-2,46; p=0,029) ve rs684232 (OR=1,61; %95 GA=1,03-2,51; p= 0,038) varyantlarının en yüksek olasılıklar oranı (OR) değerleri ile istatistiksel olarak prostat kanseri ile belirgin bir şekilde ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bunlardan rs1016343 (OR=1,90; %95 GA=1,01-3,57; p=0,046), rs7141529 (OR=2,31; %95 GA=1,01-5,27; p=0,046) ve rs684232 (OR=1,83; %95 GA=0,10-3,36; p=0,05) genotiplerinin en yüksek OR değerleri ile istatistiksel olarak prostat kanseri ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. SNP genotipleri ile hastaların bazı kliniko-patolojik değişkenlerle ilişkisi araştırıldığında; yaş ile rs1218582 ve rs3850699; ailede kanser öyküsü ile rs5945572; ailede prostat kanseri öyküsü ile rs5945572 ve rs7931342; Gleason skoru ile rs1571801 ve rs7611694; sigara kullanımı ile rs9623117, rs10896449 ve rs1270884; alkol kullanımı ile rs1270884 genotiplerinin istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde ilişkili olduğu saptanmıştır (p≤0,05). Gerçekleştirilmiş olan çalışma ile Türk toplumunda ilk defa çok sayıda SNP prostat kanseri ile ilişkilendirilmiş olup, bu sonuçların ileride toplumumuzda hastalığın muhtemel genetik riskinin tanımlanmasında kullanılabilecek ileri biyomarker çalışmalarının önünü açacağı düşünülmektedir.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2014
Keywords: Tek nükleotid polimorfizmleri; Prostat kanseri; SNP genotipleme