Türkiye yerli koyun ırkı kıvırcık için meme dokusundan cDNA kütüphanesinin hazırlanması - Ömeroğlu, Zehra (My University, 2010)
Türkiye'de koyun yetiştiriciliği, tarihi, ekonomik ve kültürel bir öneme sahiptir. Koyun yetiştiriciliğinde kolostrum salgısı koyunların verimliliklerinde oldukça etkilidir. Kolostrum, doğumdan sonra ilk 48 saat boyunca salgılanan, hipoimmun aktivite ve düşük bir enerji ile doğmuş olan kuzunun hayatta kalması ve sağlıklı bir gelişim göstermesi için kritik önemi olan değerli bir besin maddesidir. Bu çalışmada et kalitesi ve süt verimi açısından Türkiye için önemli bir yeri olan yerel ırk Kıvırcık koyununun kolostrum salgısını etkileyen genlerin araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için İstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi çiftliğinde bulunan Kıvırcık ırkı koyun kullanıldı. Dişi Kıvırcık koyunundan doğumdan bir hafta önce ve doğumdan sonra kolostrumun en yoğun salgılandığı ilk 18-36 saat içerisinde memeden biyopsi yöntemi ile doku alındı. Alınan doku örneklerinden kit yardımı ile total RNA ve mRNA izolasyonu yapıldı, ardından iki ayrı cDNA kütüphanesi oluşturuldu. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3072 klon örneklerinin dizin analizleri yapılarak koyun için EST kolleksiyonu oluşturuldu. Ham EST'lerin analizi için elde edilen kromatogram dosyaları Phred/Phrap programları ile FASTA formatına dönüştürüldü, düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırıldı. CAP3 programı ile fragment eşleştirme işlemi yapıldı ve sonuçların değerlendirilmesi için BEAP programı kullanıldı. EST dizileri ve CAP3 programıyla oluşturulan veriler, NCBI'a ait veritabanı programı BLAST'la olası fonsiyonları belirlendi ve NCBI'a kaydedildi. Çalışmamızda caseinler, whey proteinleri ve immunglobulinler gibi kolostrum salgısında bulunan önemli genler tespit edildi. Bunun yanında diğer çalışmalarda koyunda tespit edilemeyen bazı genler bulunmuştur. Bu sonuçların, koyunların fonksiyonel genom araştırmalarında önemli bir kaynak teşkil edeceği düşünülmektedir.
Tez (Yüksek Lisans) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2010
Keywords: DNA kütüphaneleri; Biyoinformatik; RNA izolasyonu