Toplumumuzda ankilozan spondilit hastalığına genetik yatkınlığın kütle spektroskopisi ile belirlenmesi - Akbulut, Ekrem (My University, 2015)
Ankilozan spondilit (AS), omurga ve periferik eklemlerin tutulduğu özellikle aksiyal eklemlerde hareket kısıtlılığına neden olan sistemik, kronik ve inflamatuar bir hastalıktır. Hastalığın gelişiminde genetik, çevresel ve immünolojik birçok faktör rol almaktadır. Hastalarda işgücü kaybına ve yaşam kalitesinde azalmaya neden olan AS’nin prevelansı %0,15 - 0,49’dur. Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) insan genomunda yüksek sıklıkta görülen tek baz değişimleri olup; hastalığa yatkınlık, hastalığın gelişimi, ilaç yanıtı ve hastalıkların tanısında yararlanılan önemli moleküler belirteçlerdir. Farklı toplumlarda yapılan çalışmalarda hastalık riski ve bazı SNP’ler ilişkilendirilmiştir. Bu SNP’lerin çalışılması, hastalık tanısının erken dönemde ve omurga deformasyonu gerçekleşmeden konulmasına katkı sunacaktır. Yapılan bu çalışmada farklı toplumlarda AS ile ilişkilendirilen 7 farklı gen bölgesi ve 3 genler arası bölgede olmak üzere toplam 21 SNP’nin AS hastalık riski ile ilişkisi genotip ve allel düzeyinde araştırılmıştır. 101 kontrol ve AS’li 100 hasta ile gerçekleştirilen çalışmada tespit edilen 21 SNP’nin genotiplenmesinde iPLEX® yöntemi kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen veriler Ki-kare, Fischer’in kesinlik testi ve lojistik regresyon analizi ile değerlendirilmiştir (p≤0.5, OR>1). Bu tez çalışması ile toplumuzda ilk defa 6. Kromozom üzerinde HLA-S ve DHFR2 psödogen bölgeleri arasında yer alan rs7743761 polimorfizminin allel (A alleli için p=0.002, OR=1.90 %95GA=1.26-2.87) ve genotip (CA genotipi için p<0.0001, OR=4.93 %95GA=2.437-9.986) düzeyinde AS hastalık riski ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Çalışma ile bazı klinik ve demografik değişkenlerin hastalık durumuna katkıları ki-kare ve Fischer’in kesinlik testi ile analiz edilmiş; ailede romatizmal hastalık öyküsü (p=0.003), ailede AS hastalık olgusu (p<0.001), ailede bel fıtığı hastalık öyküsü (p<0.001) ve cinsiyet (p=0.001) değişkenlerinin AS hastası olma durumu ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada aynı zamanda klinik değişkenler ile SNP’lere ait genotipler ki-kare ve Fischer’in kesinlik testi ile hastalık riski açısından analiz edildiğinde; ailede romatizmal hastalık öyküsü ile rs868213 (p=0.037), ailede bel fıtığı olgusu ile rs1004819 (p=0.032), rs10889677 (p=0.017) ve rs11465804 (p=0.043) polimorfizmlerinin hastalık riski ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Lojistik regresyon analizi ile SNP genotipleri ve klinik-demografik değişkenler hastalık riski açısından analiz edildiğinde; rs7743761 (p=0.003, OR=3.493 %95GA=1.534-7.955), ailede bel fıtığı olgusu (p<0.001, OR=4.710 %95GA=2.047-10.834), ailede AS olgusu (p<0.001, OR=53.752 %95GA=6.916-417.767) ve cinsiyet (p=0.007, OR=2.671 %95GA=1.309-5.451) değişkenlerinin hastalık riski ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak; toplumumuzda ilk defa rs7743761 polimorfizmi hastalık riski ile ilişkilendirilmiş, cinsiyet, ailede bel fıtığı ve ailede AS olgularının hastalık riskine etkileri gösterilmiş ve elde edilen bilgilerin biomarker olarak geliştirilme potansiyelinin olduğu tespit edilmiştir.
Tez (Doktora) - Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2015
Keywords: Ankilozan; Spondilit; Tek nükleotid polimorfizmleri (SNP); Kütle spektroskopisi; Multiplex PCR; Biomarker